SMRT sekvenování je založeno na sekvenování syntézou. DNA se syntetizuje nulovou režimu vlnových vodítky (ZMWs) - malý dobře jako nádoby s odchytu nástrojů umístěných na dně studny. Sekvenování se provádí za použití nemodifikované polymerázy (připojené ke dnu ZMW) a fluorescenčně značených nukleotidů, které volně tekou v roztoku. Jamky jsou konstruovány tak, že je detekována pouze fluorescence vyskytující se na dně jamky. Fluorescenční značka je oddělena od nukleotidu po jeho začlenění do řetězce DNA, přičemž zůstává nezměněna DNA pramen. Podle Pacific Biosciences (PacBio), vývojáře technologie SMRT, tato metodika umožňuje detekci nukleotidových modifikací (jako je methylace cytosinu). To se děje prostřednictvím poznámky kinetiky polymerázy. To je po ruce, umožňuje analýzy 20 000 nebo více nukleotidů s průměrnou délkou čtení 5 kilobáz. V roce 2015 společnost Pacific Biosciences oznámila spuštění nového nástroje pro sekvencování s názvem Sequel System, s 1 milionem ZMW ve srovnání se 150 000 ZMW v nástroji PacBio RS II. SMRT sekvencování je označováno jako "třetí generace" nebo "dlouhé čtení" sekvenování.
Obrázek 151A | Více fragmentovaných analýz zřetězení musí být sestaveno dohromady na základě jejich překrývajících se oblastí. | Suspencewl / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mapping_Reads.png) z Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
Komentáře
Okomentovat