Od detekce variant po funkční analýzu genomu

Varianty v kódování navíc jako nekódující genomové zřetězení sahají od jednoduchých nukleotidových změn po velké, mikroskopicky viditelné chromozomální aberace. Tyto varianty mohou mít obrovský dopad na službu genu. Mohou být buď prospěšné (jednonukleotidový polymorfismus; SNP) bez negativních důsledků na fenotyp, nebo patogenní (nesmyslná varianta) - což má za následek řadu nepodobných poruch a nemocí. V závislosti na typu varianty a locus, existuje mnoho jedinečných genetických metod a nástrojů pro detekci variant. Jak je doloženo příkladem, vzhledem k jeho jednoduchosti je nejčastější operací pro vyšetření velké (> 5 Mb) chromozomální aberace vyšetření karyotypu pomocí techniky bandážování GTG. Pro přesnější vyšetření by měly být použity jiné molekulárně genetické metody, jak ukazují srovnávací genomické hybridization ( aCGH) nebo fluorescenční in situ hybridization ( FISH) založené na mikročipech. Každopádně tyto metody mají některá významná omezení: aCGH se nesetkává s mozaikou, vyváženými translokacemi a inverzemi, zatímco FISH vyžaduje specifické sondy. Podobně pro detekci konkrétních variant lze použít i jiné metody molekulárně genetických metod, mezi něž patří stanovení limitních enzymových testů, amplifikace sondy multiplexní ligace závislá na ligaci (MLPA), protože všechny testy jsou založeny na polymerázové řetězové reakci( PCR) a její varianty (multiplexní PCR).

Obrázek 100A | Příklad genetiky vpřed v C. Elegans (nematoda) pomocí mutageneze. | © 2014 Lena M. Kutscher a Shai Shaham. (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Forward_mutagenesis.jpg),

Obrázek 100A | Příklad genetiky vpřed v C. Elegans (nematoda) pomocí mutageneze. | © 2014 Lena M. Kutscher a Shai Shaham. (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Forward_mutagenesis.jpg), "Forward mutagenesis", https://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.5/legalcode from Wikimedia Commons

Autor : John Kaisermann

Reference:

Techniky molekulární biologie I

Nástroje molekulární biologie I

Komentáře