Obecně lze říci, že pro typický experiment hromadné RNA-sekvenování (RNA-sekv.) Se generuje deset milionů analýz a za gen se považuje vyšší než prahová hodnota 50 analýz na kb na milion analýz (RPKM). U genu, který je dlouhý 1 kb, to odpovídá 500 analýzám a minimálnímu variačnímu koeficientu (CV) 4% za předpokladu Poissonovy distribuce. Pro typickou savčí buňku, která obsahuje 200 000 mRNA, je třeba pro dosažení této minimální hodnoty CV shromáždit údaje o sekvenování alespoň z 50 jednotlivých buněk. Avšak vzhledem k účinnosti zpětného kopírování a dalšího šumu zavedeného do experimentů je pro přesnou formu analýzy exprese a identifikaci typu buněk zapotřebí více buněk.
Jednobuněčné DNA Šablona vlákno sekvenování
Jednobuněčné DNA šablona vlákno sekvenování, nebo vlákno-seq, je technika pro selektivní sekvenování rodičovských šablony pramenů dceru buňky. Tato technika má mnoho aplikací, včetně identifikace sesterských chromatidových výměn v rodičovské buňce před segregací, identifikace misorientovaných kontigů během sladění analýz s referenčním genomem a hodnocení nenáhodné segregace sesterských chromatidů.
Obrázek 261A | Jednobuněčné RNA sekvenování pracovní postup | Yijyechern / Attribution-Share Alike 3.0 Unported | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:RNA-Seq_workflow-5.pdf) from Wikimedia Commons
Autor : Yavor Mendel
Komentáře
Okomentovat