Ribosomální RNA (rRNA) intergenové spacerové vyšetření (RISA) je akce mikrobiálního komunitního vyšetření, které poskytuje prostředek pro porovnávání různých prostředí nebo dopadů léčby bez zaujatosti vyvolané kulturně závislými přístupy. Tento typ vyšetření se často označuje jako komunitní otisky prstů. RISA zahrnuje PCR amplifikaci oblasti genového operonu rRNA mezi malou (16S) a velkou (23S) podjednotkou zvanou intergenová mezerníková oblast ISR.
Použitím oligonukleotidových primerů zaměřených na konzervované oblasti v 16S a 23S genech mohou být fragmenty RISA generovány z většiny dominantních bakterií v environmentálním vzorku. Na druhé straně většina operonu rRNA slouží strukturální službě, části intergenové oblasti 16S-23S mohou kódovat tRNA v závislosti na bakteriálním druhu. Taxonomická hodnota ISR však spočívá ve významné heterogenitě jak délky, tak zřetězení nukleotidů. V RISA se pokoušíme využít délkovou heterogenitu ISR, která se ukázala být v rozmezí 150 až 1500 bp, přičemž většina délek ISR je mezi 150 a 500 bp.
Obrázek 250A | Obecný reverzní northern blot postup využívající cDNA ze vzorku testeru a knihovny SSH. Nadměrná exprese transkriptů ve vzorku testeru se objeví jako tmavší tečky na membráně Cddouglas2 / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Revnorthern1.jpg) from Wikimedia Commons
Autor : Yavor Mendel
Komentáře
Okomentovat