DNA sekvence vázané na konkrétní protein mohou být izolovány imunoprecipitací tohoto proteinu (ChIP), tyto fragmenty pak mohou být hybridizovány na microarray (jako je například obkladové pole), což umožňuje určit obsazenost místa vázajícího protein v celém genomu. Příkladem proteinu k imunoprecipitaci jsou modifikace histone (H3K27me3, H3K4me2, H3K9me3 atd.), Protein skupiny Polycomb (PRC2: Suz12, PRC1: YY1) a protein ze skupiny trithoraxů (Ash1) pro studium epigenetické krajiny nebo RNA Polymeráza II studovat kopírování krajiny.
DamID
Analogicky k ChIP lze genomové oblasti vázané na sledovaný protein izolovat a použít k microarray detekci pro stanovení obsazenosti vazebného místa. Na rozdíl od ChIP DamID nevyžaduje protilátky, ale využívá metylaci adeninu v blízkosti vazebných míst proteinu, aby selektivně amplifikoval tyto oblasti, zavedené expresí nepatrných množství požadovaného proteinu fúzovaného s bakteriální DNA adeninmethyltransferázou.
Obrázek 146A | Dva čipy Affymetrix. Pro porovnání velikosti je v levém dolním rohu zobrazena shoda. | Nebyl poskytnut žádný strojově čitelný autor. Schutz převzal (na základě nároků na autorská práva). / CC BY-SA (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Affymetrix-microarray.jpg) z Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
Komentáře
Okomentovat