Strand-seq byl původně navržen jako nástroj pro zveřejnění sesterských výměn chromatidů. Protože je akce, která je lokalizována do jednotlivých buněk, DNA sekvenování více než jedné buňky by tyto účinky zcela rozptýlilo a naznačovalo by nepřítomnost SCE událostí. Navíc klasické techniky sekvenování jednotlivých buněk nejsou schopny tyto události ukázat kvůli heterogenním zkreslením amplifikace a informacím dvouřetězcového zřetězení, což vyžaduje Strand-seq. Pomocí informací o referenčním zarovnání mohou vědci odhalit SCE, pokud se změní směrnost zděděného řetězce šablon.
Identifikace špatně orientovaných kontigů
Chybně orientované kontigy jsou přítomny v referenčních genomech ve významném množství (např. 1% v referenčním genomu myši). Strand-seq, zatímco konvenční metody sekvenování, mohou odhalit tyto mylné orientace. K dispozici jsou špatně orientované kontigy, kde se dědičnost pramenů mění z jednoho homozygotního stavu do druhého (např. WW na CC nebo CC na WW). Navíc je tato změna stavu viditelná v každé knihovně Strand-seq, což posiluje přítomnost špatně orientovaného contigu.
Obrázek 263A | Výstup BAIT, zobrazující odečty pro Watson (W, zelený) a Crick (C, modrý) pramen. Každý sloupec výčtu čtení zobrazuje počet analýz zarovnaných s konkrétním 200 kb binem referenčního genomu. Odtud se odvozuje dědičnost řetězce rodičovských šablon. Jako by, pokud by obě kopie chromozomálního segmentu o velikosti 200 kb v dceřiné buňce byly syntetizovány z Watsonových templátových vláken v rodičovské buňce, představovalo by to velkou zelenou čáru označující čistě W zarovnání v této chromozomální oblasti. Rovněž přepínače mezi homozygotními a heterozygotními stavy dědičnosti templátového řetězce jsou interpretovány jako výměny sesterských chromatidů (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Autor : Yavor Mendel
Komentáře
Okomentovat